瓦屋山的植物有3500種，被子植物約占世界總科數(shù)60%。有第三紀(jì)、第四紀(jì)冰川保留下來的孑遺植物珙桐(中國(guó)鴿子樹)、水青樹、銀杏、玉龍蕨、紅豆杉、獨(dú)葉草等國(guó)家一級(jí)保護(hù)植物8種，以及桫欏、連香、鵝掌楸等國(guó)家二級(jí)保護(hù)植物。其中天然杜鵑林面積60萬(wàn)畝，天然珙桐林面積達(dá)30萬(wàn)畝，被譽(yù)為“世界杜鵑花的王國(guó)”和“中國(guó)鴿子花的故鄉(xiāng)”。瓦屋山國(guó)家森林公園一級(jí)保護(hù)植物有：紅豆杉、南方紅豆杉、珙桐、光葉珙桐、水杉、玉龍蕨、水松、獨(dú)葉草、蘇鐵。